Dawna greckokatolicka cerkiew w Świątkowej Małej istniała już w 1581 r. jako świątynia filialna parafii prawosławnej w Grabiu. W 1762 r. wzniesiono nową cerkiew filialną parafii w Rozstajnem. Po 1860 r. weszła ona w skład parafii w Świątkowej Wielkiej
W 1927 r. w czasie rekonfesji na prawosławie, czyli tzw. schizmy tylawskiej, mieszkańcy Świątkowej Małej przyjęli prawosławie. Świątynia pozostała jednak własnością kościoła katolickiego obrządku greckokatolickiego, zatem wierni nie mogli do niej uczęszczać. Postanowili zatem chodzić do czasowni w Świątkowej Wielkiej. W latach 50. XX w. cerkiew przejęli katolicy obrządku rzymskiego, osadnicy z okolic Nowego Targu. Po 1956 r. z wysiedlenia zaczęli wracać nieliczni Łemkowie.